EPA和FDA对在美国销售的消毒剂都有监管权。1994年，两家机构签署了一份谅解备忘录，赋予FDA对用于治疗关键和半关键医疗设备的高水平消毒剂的唯一监管权。环境保护局监管所有其他消毒剂，包括在环境表面使用的消毒剂。
FDA认定四类消毒剂基于丁分类．与无菌组织接触的关键医疗设备要用消毒剂处理。与粘膜等非无菌组织接触的半临界装置应用高剂量消毒剂处理。消毒剂与高级消毒剂是同一种产品，只是用于较长的时间。病床扶手、便盆等非关键医疗设备采用中、低剂量消毒剂处理。所有中级和低级消毒剂都是EPA注册的，主要由EPA监管。低剂量消毒剂是经epa注册的消毒剂，可在医院使用。中级消毒剂是低水平消毒剂，也具有结核菌作用。
环境保护局对消毒剂的分类不同，如有限或广谱消毒剂、杀病毒剂、杀真菌剂和结核病剂。有限谱消毒剂对革兰氏阳性或革兰氏阴性细菌都有效，而广谱消毒剂(也称为通用消毒剂)对这两种细菌都有效。医院使用的消毒剂是广谱的，并已证明可以杀死人铜绿假单胞菌．