临床医生和患者都想知道重新加工的内窥镜是否被污染了。为此，CDC创建了临时十二指肠镜抽样和文化协议。加州大学洛杉矶分校医学中心对已知被污染的十二指肠镜使用了CDC的临时协议，但没有检测到CRE。
尽管分子证据表明CRE的存在，但UCLA可能没有检测到CRE，原因有以下几点:
- 加州大学洛杉矶分校最初使用不同的程序取样内窥镜可能没有那么敏感或可能已经删除了CRE。
- 采样在十二指肠镜停止使用后很长时间内进行;CRE可能在这段时间内死掉了。
- 用邻苯二醛(OPA)处理十二指肠镜。OPA在漂洗后的材料上持续存在，并在培养中起抑制作用．CDC过程中没有加入OPA中和剂，如甘氨酸。
- 十二指肠镜末端的缝隙很难穿透和进入。有可能只是在这样的空间内屏蔽了CRE的采样(和消毒)。
了解消毒过的内窥镜是否被污染是至关重要的，因此CDC方法的改进和验证正在进行中。