生物安全等级是指根据感染风险对不同微生物所要求的隔离程序。有四个级别，在世界范围内使用，并在《微生物和生物医学实验室的生物安全》(免费下载)一书中进行了描述。
生物安全级别1适用于非病原体工作。BSL1微生物可以用最少的防护装备在实验室的工作台上进行工作。建议用抗菌肥皂消毒表面和洗手。
生物安全级别2适用于对工作人员造成中等风险的细菌，但在实验室环境中通常是无致病性的。从事BSL2研究的科学家应该是经过培训的微生物学家，而一些指定为BSL2的生物体可能需要在生物安全柜中工作。抗菌试验实验室是BSL2实验室。
生物安全三级适用于处理吸入后导致严重或潜在致命感染的微生物，但对于这些微生物已有可靠的治疗方法。BSL3的安全预防措施包括使用生物安全柜到用过滤过的室内废气密封进入区域，具体取决于生物体。
生物安全四级是最高级别的控制，在没有已知治疗方法或疫苗的高传染性微生物的工作中所需要的。BSL4实验室有几个特殊功能，包括气闸和多个消毒检查点。微生物学家穿着全身正压服，进入实验室的机会非常有限。