自动内窥镜再处理(AERs)被医院用于快速清洁和消毒内视镜．一个典型的AER大约是一个干衣机大小。这些机器在使用前用高水平的消毒剂．有些地方的蓄水池可以储存数加仑高水平的消毒剂，可以重复使用一个月。用于AERs的高水平消毒剂通常需要加热以提高疗效。大多数AERs可编程到特定的温度和周期时间，使各种不同的高水平消毒剂使用。
Microchem最近获得了mediators系列DSD-201自动内窥镜再处理器(AER)，它使实验室能够进行广泛的自动内窥镜清洁和消毒相关的研究，包括模拟使用测试。在典型的模拟使用研究中，将内窥镜接种微生物，置于AER中，然后用“最坏情况”的高水平消毒剂(经过压力和/或稀释的消毒剂)处理。在机器循环的无菌水冲洗部分开始之前，Microchem的科学家对内窥镜进行无菌拦截，中和活性成分，并使用彻底的冲洗和电镀程序检查存活的微生物。